Микробиота – собирательный термин для микроорганизмов, который должен заменить такие термины как флора и микрофлора, что согласно устаревшей классификации рассматривает микроорганизмы в качестве растений. Под разнообразием подразумевается число различных видов в определенной экосистеме, представленных как в большом количестве, так и в относительно незначительном.
Ротовая полость таит в себе наибольшее скопление микроорганизмов в человеческом теле. Несмотря на то, что в составе ротовой микробиоты могут быть обнаружены вирусы, археи, грибы и простейшие, однозначно, доминирующими обитателями ротовой полости являются бактерии. В полости рта обнаружено около 10 миллиардов бактериальных клеток, и независимые исследования биокультур (микроскопия и молекулярные биотехнологии) показали, что 50-60% ротовой микробиоты до сих пор остается неизученной и требует культивирования и дальнейшего изучения. Благодаря культивированию было выявлено значительное бактериальное разнообразие, но еще большее число новых видов бактерий, колонизующих ротовую полость, было обнаружено путем молекулярно-биологических методов. В ротовой полости человека были обнаружены более 1000 бактериальных видов/филотипов, однако, современные исследования ДНК путем пиросеквенирования показали, что данное число может быть недооценено. Благодаря современным анаэробным методам культивирования и сложным молекулярным биотехнологиям было обнаружено, что эндодонтические бактерии на более широком таксономическом уровне можно подразделить на 9 типов: Firmicutes, Bacteroidetes, Spirochaetes, Fusobacteria, Actinobacteria, Proteobacteria, Synergistetes,ТМ7 и SR1 (Рис.14-17). Тем не менее, данные исследований с использованием пиросеквенирования выявили, что несколько других типов, возможно, были упущены предыдущими методами идентификации. Грибы и археи – пример типов микроорганизмов, которые были обнаружены в эндодонтической инфекции случайно.
Рис. 14-17 Бактериальные типы с их соответствующими эндодонтическими представителями. Справа: примеры видов или филотипов для каждого типа.
