Для удаления инфицированных некротизированных тканей недостаточно одной только инструментальной обработки корневых каналов. Ирригационный раствор необходим для уменьшения силы трения между инструментом и дентином, повышения режущей эффективности файлов, растворения органики, охлаждения файла и тканей зуба, вымывания дебриса из корневого канала и дезинфекции тех участков канала, которые не могут быть механически обработаны. Только некоторые ирриганты способны растворять смазанный слой, поэтому после ирриганта необходимо использовать хелатный агент, чтобы деминерализовать обработанные поверхности корневых каналов. Большинство стоматологов разбавляют гипохлорит натрия и используют его в качестве ирриганта  при инструментации корневых каналов; далее они применяют ЭДТА или другой хелатный агент для удаления смазанного слоя. Использование гипохлорита натрия в качестве ирриганта с последующим промыванием ЭДТА может дать удовлетворительные результаты. Бактерицидная эффективность гипохлорита натрия обусловлена его высокой токсичностью и едкостью. Если он случайно попадет на витальную ткань, то может нанести серьезную травму пациенту. Существуют процедуры с использованием гипохлорита натрия и хелатных агентов, более безопасные для  пациентов, а также альтернативные эффективные ирригационные растворы. 

Ирригация инфицированных корневых каналов

В полости рта обитают сотни видов бактерий. Однако из-за бактериальных взаимодействий, доступности питательных веществ и низкого кислородного потенциала в корневых каналах с девитальной пульпой количество видов бактерий, присутствующих при эндодонтических инфекциях, ограничено. Эти селективные условия приводят к преобладанию факультативных и строго анаэробных микроорганизмов, жизнедеятельность которых стимулирует местную резорбцию кости, и которые более устойчивы к эндодонтическому лечению. Среди бактерий, которые наиболее часто ассоциируются с неудачным эндодонтическим лечением, выделяют Enterococcus faecalis (E. faecalis). Помимо бактерий, корневой канал также может быть колонизирован вирусами и Candida albicans. Дезинфекция корневых каналов путем элиминации микроорганизмов является важным шагом в эндодонтическом лечении, который позволяет избежать последующей неудачи. Поверхностная адгезия бактерий с образованием биопленок является хорошим примером бактериальной адаптации и имеет непосредственное отношение к эндодонтическим инфекциям. В настоящее время появляется все больше информации о существовании сообществ биопленок на стенках корневых каналов. К сожалению, полная дезинфекция корневых каналов затруднительна, т.к. микроорганизмы могут оставаться в апикальной дентин