Как и при любом стоматологическом лечении, во время лечения корневого канала могут возникать непредвиденные процедурные неудачи. Одним из таких случаев является перфорация корня или пульповой камеры. Когда это происходит, самый важный шаг - герметизировать эту перфорацию как можно быстрее, во избежание потенциального загрязнения от окружающих тканей. Если перфорация происходит в кабинете стоматолога общей практики, стоматолог должен связаться с местным эндодонтистом и запросить закрытие перфорации в тот же день. После того, как происходит перфорация, появляется цель «стерилизовать» (деконтаминировать) место перфорации, а затем герметизировать перфорацию. Материалом, который наиболее широко используется в эндодонтии для герметизации перфораций, является минеральный триоксидный агрегат (MTA; Dentsply Dental,York, Pennsylvania). MTA чрезвычайно биосовместим, и было показано гистологически, что остеоподобный материал растет прямо в MTA.
Перед установкой МТА на перфорацию, участок должен быть обильно промыт гипохлоритом натрия. Этот ирригант является одним из наиболее часто используемых в эндодонтии и поможет очистить место перфорации.
Существует концентрированный раствор гипохлорита натрия (5%), но большинство практикующих врачей используют разбавленную форму, смешивая раствор с приблизительно 50% воды. Разбавленный раствор гипохлорита натрия так же эффективен, как и полноценный раствор для промывания, но обладает меньшей потенциальной токсичностью.
После того, как место перфорации обработано гипохлоритом натрия в течение приблизительно 5 минут, осуществляется тампонада и гемостаз. Хотя МТА и работает в присутствии влаги, все же необходимо высушить поверхность максимально, потому что МТА (при смешивании до стадии «мокрого песка») трудно манипулировать и позиционировать. На месте перфорации необходимо создать физический барьер для того, чтобы предотвратить выведение МТА в кость или через пульповую камеру в область фуркации.